Es el conjunto ordenado de documentos  al que se transfieren desde el archivo central los documentos de archivo de conservación permanente,  que son conservados por su valor.

El archivo Histórico recibe las transferencias secundarias del Archivo Central, previamente revisadas y cotejadas, con su respectivo inventario (instrumento de consulta, procurando su homogeneización) en las unidades de conservación adoptadas por la Entidad y conforme con las directrices establecidas.

Sistemas  de Ordenación 

El Archivo Histórico propende mantener disponibles los documentos mediante instrumentos de  consulta actualizados e implementación de servicios de archivo.  Este, adopta sistemas de ordenación que permiten la ubicación de fondos, secciones, subsecciones, series, subseries y vela por la correcta organización e instalación de áreas de depósito, unidades de  conservación y almacenamiento.

A partir de este momento, la documentación seleccionada por su valor informativo, histórico y cultural, se conserva a perpetuidad, en condiciones que garanticen su integridad y transmisión a las generaciones futuras, por cuanto constituye parte del patrimonio histórico de las naciones y de la humanidad. 

El Archivo Histórico de la Sede Medellín (1888 - 1997) está conformado por los siguientes tres fondos: Escuelas, Facultades y Administrativo. Siendo el fondo Escuelas el más antiguo con documentación desde 1888 correspondiente a la Escuela Nacional de Minas, Escuela de Agricultura Tropical y Veterinaria, y el Instituto Agrícola Nacional.